地方独立行政法人の業務運営については、設立団体の長（知事）が法人に対し、法人が達成すべき業務運営に関する目標（中期目標）を指示し、法人は、この目標に基づき、目標を達成するための計画（中期計画）を作成し、これに基づいて業務を遂行していくこととなります。
中期目標
第三期 中期目標（令和2年4月1日～令和7年3月31日）
令和元年12月に県議会定例会において議決されました。
第二期 中期目標（平成27年4月1日～平成32年3月31日）
平成26年12月県議会定例会において議決されました。
- 令和元年7月16日付で変更の指示を受けました。
第一期 中期目標（平成22年4月1日～平成27年3月31日）
平成21年12月県議会定例会において議決されました。
- 平成23年7月14日付で変更の指示を受けました。
中期計画
第三期 中期計画（令和2年4月1日～令和7年3月31日）
令和2年3月26日に知事の認可を受けました。
- 令和4年3月29日に変更の認可を受けました。
- 令和4年7月26日に変更の認可を受けました。
- 令和5年5月23日に変更の認可を受けました。
第二期 中期計画（平成27年4月1日～平成32年3月31日）
平成27年3月17日に知事の認可を受けました。
- 平成29年7月7日に変更の認可を受けました。
- 平成30年7月13日に変更の認可を受けました。
第一期 中期計画（平成22年4月1日～平成27年3月31日）
平成22年4月1日に知事の認可を受けました。
- 平成23年7月14日に変更の認可を受けました。
- 平成25年3月26日に変更の認可を受けました。
- 平成26年3月26日に変更の認可を受けました。